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Il y avait à gauche des escaliers qui conduisaient aux étages une petite salle dont l'entrée était fermée par une imposante grille en fer. Peut-être s'agissait-il d'une salle de sureté ?
Pour ce qui est des oubliettes, personne n'en a trouvé de traces, vu la nature du sous-sol, cette hypothèse est assez improbable.
Il existait des citernes destinées à recueillir les eaux de pluie provenant des toits du château et d'une partie du toit de l'église.
Mais l'existence de mini-aqueducs pour amener l'eau au château est difficile à envisager, ne serait-ce qu'en raison de la différence de pression dans ces conduites ouvertes.
Sans doute s'agit-il de canaux protégés utilisés pour approvisionner les différentes citernes alimentant en eau les habitations de la commune.
De nombreuses personnes aujourd'hui décédées ont évoqué un souterrain reliant le château de Bongain à Conflans. La légende est souvent très embellie, faisant même état de flambeaux disposés le long du souterrain…
Selon toute évidence, il s'agit bien là d'une légende, le bâtiment est implanté sur une plateforme rocheuse rendant le creusement d'un souterrain presque impossible, et la nécessaire étanchéité des voûtes passant sous l'Arly aurait représenté un obstacle de taille.
Par ailleurs, il ne s'agit pas d'un château moyenâgeux d'importance primordiale, on ne voit pas pour quelle raison la famille de Bongain aurait envisagé la réalisation d'un tel ouvrage.
On note la présence de ce qui aurait pu être d'anciennes voûtes, aujourd'hui presque entièrement comblées, à mi-pente dans le coteau. Mais l'hypothèse la plus réaliste relie ces petites voutes à la présence de vignobles recouvrant tout le coteau de Pallud, ce sont sans doute les vestiges d'anciens abris destinés à la remise de matériels viticoles divers.